生理学是南京中医药大学基础医学的重要学科，是硕士和博士学位（中西医结合）授予点，已经培养博士研究生、硕士研究生10余名。生理教研室成立于1954年，1998年获得硕士学位授予点，2001年获得博士学位授予点。2011年成立医学与神经生物学研究室，2014年成立南京中医药大学神经疾病及中医药防治重点实验室，2016年原来的生理教研室和医学神经生物学研究室合并成立生理系，并转入医学与生命科学学院。